生物藥廠凈化車間解決方案和污染控制技術就是保證GMP成功實施的的主要手段之一。根據GMP藥廠凈化車間設計的實質是美觀清潔，防止產品污染以及質量變化。因此藥廠凈化車間室內裝修中的門窗設計，地面、墻面、吊頂的設計與一般廠房有很大的不同。

藥廠凈化車間的規劃、設計是十分重要的環節及流程，在這一環節著力可以降低凈化工程的能量消耗，是凈化達標、工程造價合理的前提。主要途徑是合理確定藥廠凈化車間的面積和恰當選擇潔凈度等級，然后根據藥廠企業具體需要，合理選擇凈化空調系統形式，準確計算冷負荷和配置節能型設備，選用先進的、能耗低的公用動力系統，設備，合理確定凈化車間建筑圍護結構，選擇能降低冷(熱)損失、氣密性好的建材和構造等。

藥廠凈化車間好能與外界隔離，不能穿行或受其他因素干擾。藥廠凈化車間的大小依需要而定，一般由更衣間、緩沖間、風淋室和操作間組成。在實施藥廠凈化車間時，一般從建筑平面布置、食品車間結構、車間地面、通風孔器凈化設備、照明等幾個方面來考慮。